Muş yüksek ve dağlık bir bölgede bulunur. İl topraklarının % 35’i dağlardan, % 38’i platolar ve % 27’si ovalardan ibârettir. Ovalar 1300-1500 m, platolar ise 1500-1700 m yükseklikte bulunur.

Dağlar: İl topraklarının % 35’ini kaplayan, başlıca dağları şunlardır: Bingöl Dağlarının uzantısı Akdoğan Dağı (2878 m), Şerafettin Dağları (2544 m), Bilican Dağları, Bilicantepe (Ziyarettepe, Vangesan Tepesi (2959 m) ilin en yüksek noktasıdır. Haçres Dağları ve Büyük Kurtik (2648 m)’dir. İl topraklarının % 38’i platolar olup, daha çok Murat Vâdisi ile dağların dorukları arasındaki sırtlarda yer alırlar. Murat Vâdisinden Van Gölüne doğru yükseklik artar. Bu bölge yayla şeklindedir. Kuzey ve kuzeybatı platolarda su çoktur. Buralarda küçükbaş hayvan beslenir. Muş’un bütün yaylaları hayvancılığa elverişlidir.

Ovalar: En genişi Muş Ovasıdır. Iğdır Ovasından sonra doğunun en geniş ovasıdır. Uzunluğu 80, genişliği 25 km’dir. Yüzölçümü 1650 km2’dir. Murat Irmağı çevresinde sulak bir ovadır. Deniz seviyesinden yüksekliği 1250-1400 m’dir. Çok eski devirlerde deniz olan bu bölgede deniz dibi mâdenleri volkanik kayaların kırpıntıları ile birleşerek bereketli bir ova meydana gelmiştir. Elips şeklinde olan ovanın etrafı yüksek dağlarla çevrilidir. Diğer ovalar ise: Bulanık Ovası 525 km2 Liz Ovası 160 km2, Malazgirt Ovası 450 km2 olup, geniş bir bozkır şeklindedir.

Akarsular: İlin en büyük akarsuyu Murâd Irmağıdır. Bu ırmak Fırat Nehrinin en önemli koludur. Murâd Irmağı Ağrı Aladağlardan doğar. Gökşer ve Hınıs sularını alır, Muş Ovasının ortasında 68 km uzunluğundaki Karasu Çayı ile birleşir. Batıya akarak Bingöl sınırları içine girer. Murâd Irmağının Muş il sınırları içindeki uzunluğu 206 km’dir. Murâd Suyu çok yerde göl manzarası arzeder. Karasu da Muş ilinin doğusunda bataklık yapar. Kış aylarında donan bu yerlerin bataklık olmayan yerlerinin buzları çözüldüğünde balık avlanır.

Göller: Tabii gölleri büyük değildir. Bulanık Göl, yüzölçümü 10 km2, en derin yeri 7 m, kışın donar, üzerinde yürünebilir. Yazın suyu fazla eksilmez. Gölün büyük kısmı sazlık ve bataklıklarla kaplıdır. Yaban ördeği sürülerle dolaşır. Avcılık bakımından önemlidir. Seki Gölü (Hamurpet Gölü), yüzölçümü 3 km2dir. Alabalık çoktur.