Muğla ve çevresinin târihi çok eskilere dayanır. M.Ö. 3000 senelerinde Kargalıların bu bölgeye hâkim oldukları, M.Ö. 2500 senelerinde Luvilerin yerleştiği ifâde edilir. Fakat bu hususta târihî kesin deliller henüz ele geçmiş değildir. Eldeki bilgiler, bu bölgeye Hititlerin hâkim olduğunu ve Lugga ismini verdiklerini göstermektedir. Hitit İmparatorluğunun iç savaş ve iktidar kavgaları ile zayıflayıp yıkılması üzerine bölgeye Frikya Krallığı hâkim oldu. Frikya Devletinin yıkılışı ile bölge Lidya Krallığının eline geçti. Ege adalarında oturanlar bu bölgenin kıyılarında Dor Siteleri kurdular. Pers Kralı Kiros, M.Ö. 6. asırda Lidya Devletini yıkınca bu bölgeyi de işgal etti.

M.Ö. 6. asırda Makedonya Kralı İskender, Asya seferine çıktığında bu bölgeden geçti ve Pers Devletini ortadan kaldırarak Anadolu ve İran’ı Makedonya topraklarına kattı. Makedonya Kralı İskender’in ölümü üzerine imparatorluk parçalandı ve Anadolu’nun diğer bölgeleri gibi bu bölge de Selevkos Hânedanının payına düştü. Bilahare Bergama Krallığı, Mısır Ptolemaiosları, Rodos Krallığı arasında el değiştirdi.

Karya ismi verilen bu bölge M.Ö. 130 senesinde Bergama Krallığı ile birlikte Roma İmparatorluğuna katıldı ve M.S. 395’te Roma İmparatorluğu bölününce bu bölge Anadolu gibi Doğu Roma’nın (Bizans) payına düştü. Bu devirde, Bodrum’dan başka Milas (Mylsaa) gelişti ve Muğla (Alinda) ikinci plânda bir şehir olarak kaldı.

1071 Malazgirt Zaferinden sonra Anadolu Fatihi ve Anadolu’da Türk Devletinin kurucusu Selçuklu Kutalmışoğlu Süleyman Şahın komutanlarından Muğul Beye bağlı Türk kuvvetleri Muğla ve çevresini fethetti.

On birinci asrın sonunda Bizanslıların teşviki ile Türkleri Anadolu’dan söküp atmak için birbirini tâkip eden ve bugüne kadar sâdece strateji, taktik ve şekil değiştirerek devam eden Haçlı Seferleri başladı. Bizanslı Komnenoslar, Birinci Haçlı Seferinden istifâde ederek sâhildeki diğer Türk şehirleriyle birlikte Muğla ve çevresini de istilâ ettiler. On üçüncü asır boyunca Türk akıncıları, bu bölgeye akınlar yaptılar. 1280’de Selçuklu uç beylerinden Menteşe Bey, bu bölgeyi ikinci defâ fethetti. Bu yüzden bölgeye Cumhûriyet devrine kadar, Menteşe Beye izâfeten Menteşeİli dendi.

Oğuzların Türkmen kolundan olan Menteşe Beyin kurduğu Menteşe Beyliği, 1308’e kadar Konya’ya (Türkiye Selçuklu Devletine) 1308-1335 arasında Tebriz’deki İlhanlı Devletine tâbi oldu. 1335’te ise bağımsız oldular. 1284-1390 arasında saltanat süren Menteşe Beyliği, 1390’da Yıldırım Bâyezîd Han tarafından Osmanlı Türk Birliğine (Devletine) katıldı. 1402 Ankara Savaşından sonra bâzı beylikler gibi Menteşe Beyliği de, yeniden bağımsızlığını îlân ederek, Osmanlı Devletinden ayrıldı. Sultan İkinci Murâd Han, saltanatının ilk yıllarında Menteşe Beyliğini yeniden Osmanlı Birliğine bağladı. Menteşe Beyliğinin başşehri Milas idi. Osmanlı Devleti, Menteşe Beyliğini birlik içine katınca sancak merkezini Muğla’ya nakletti. Osmanlı Devrinde Fethiye(Mekri) gelişmeye başladı. Menteşe beyleri Milâs’ın yakınında Beçin’de otururlardı. Burada mühim eserler yaptılar.

Menteşe Beyliği kudretli donanması ile Ege Adalarına, Yunanistan’a seferler yaparak Osmanlıların Ege ve Akdeniz’e açılmaları için ilk yolu açtılar. Hatta Menteşe Beyliği, bir ara Rodos Adasının bir kısmına sâhip oldu. Anadolu’nun savunması Ege Adalarından başlar görüşü, ilk çağlardan bu yana değişmemiştir.

Kânûnî Sultan Süleyman Han, 1522’de Rodos’u ve Bodrum’u fethederek Osmanlı Devletine kattı ve buradaki şövalyelerMalta’ya kaçtılar. Osmanlı devrinde Muğla, merkezi Kütahya’da bulunan Anadolu Beylerbeyliğinin (eyâletinin) 14 sancağından (vilâyetinden) biri. Tanzimattan sonra merkezi İzmir olan Aydın vilâyetinin (eyâletinin) 5 sancağından biri oldu. 6 kazası vardı. 1867’de bağımsız sancak oldu. Muğla, yalnız şehrin adı olarak kullanıldı, il’e Menteşe denildi.

Birinci Dünyâ Harbinden sonra, sembolik sayıda İtalyan askerinden ibâret bir işgal kuvveti, (1920-1921) yıllarında kısa bir müddet kaldıktan sonra, Muğla’yı Millî Kuvvetlere çarpışmadan devretti. Cumhûriyet devrinde bütün mutasarrıflıklar (sancaklar) il olunca Muğla da il oldu.

Lozan’dan önce Muğla’nın % 92’si Türk, % 7’si Rum idi. Lozan Antlaşması ile Rumlar Yunanistan’a gönderildiler.